如此数量的炸弹，要带人美国恐非易事。那么，恐怖分子能否就地取材呢？五角大楼的武器库里就有这样一种产品，它的性能极似“塞麦克斯”（semex），深受北约及美国各工矿公司的欢迎。恐怖分子极有可能从美军的武器库中偷出一点来。
清理现场时救援人员找到了几盘录像带，其中一盒录像带显示，有一辆福特牌汽车从车库中急驶而出，如果没有重要的事情，汽车的车速是不可能有这么快的。调查人员由此推断，这辆小车可能就是装载炸药进入世界贸易中心的那辆小车。作案者的尾巴终于露出来了。此外，两位调查人员还在现场清理出一块扭曲的黄色铜牌和十几片碎片。经鉴定，那块铜牌是一辆福特货车的残片，号码为xa70668。
这是一个重大的发现！
调查人员开始按图索骥，进行全面的调查。
他们找到了这辆汽车的主人：与纽约州一河相隔的泽西市肯尼迪大道1558号赖特卡车出租公司。该公司证明，这辆汽车确实是它的，但已在一周前祖给了一个名叫穆罕默德·萨拉马的男子，而且，萨拉马还三番五次来公司纠缠，说他的汽车被盗，要求退还他的400美元押金。萨拉马丢车之说，没有得到警方的证明，因此，赖特公司也无法退还他的押金。
调查小组在获悉这一情报后立即设下圈套，等待萨拉马再次前来索款。3月4日，萨拉马果然打来电话，这次，公司职员没有拒绝他的要求。原来，伪装成公司职员的联邦调查局特工在电话中告诉他，虽然没有警方的证明，但他仍然可以取回一半押金，让他随时来取。萨拉马不知其中有诈，兴冲冲地赶到赖特公司，联邦调查局的特工有意与他周旋，询问了一些有关丢车的情况，萨拉马不疑有诈，只想取回自己的押金。他取钱后准备乘出租车离开，正在这时，一群联邦调查局特工截住了他。
随后，联邦调查局对他的住所进行了搜查。结果，尽管警犬在他的房间中嗅到了强烈的炸药气味，但特工费尽九牛二虎之力，还是没有找到炸药，只是找到了一些与制造炸弹有关的材料，如天线、电路图、接线说明书。这些材料不能证明萨拉马与炸弹直接有关，但已经足以将他列为重大嫌疑犯了。
警方认为，如果爆炸真与萨拉马有关，那么，萨拉马绝对不会单枪匹马，因为爆炸世界贸易中心是一件举世震惊的大事，而萨拉马却为他那区区几百美元押金斤斤计较。因此，萨拉马背后必定有一条大鱼。警方随即围绕萨拉马进行了周密的调查，凡是与萨拉马有接触的人都脱不了干系。
在爆炸案发生的前一天，有人发现萨拉马与其他几个人一起出入泽西市的一间仓库，并向一个名叫尼达尔·阿亚德的人打过电话。于是，警方对那个仓库进行了突击搜查，这次搜查发现了不少物证，仓库里有几包尿素、数瓶硝酸，还有一些烧瓶、试管和引线。这些东西已经足以制成炸弹了。
至于那个阿亚德，警方也根据萨拉马提供的线索，找到了他。原来他是一名有巴勒斯坦血统的科威特人，不过，他目前已经向星条旗效忠，归化为美国公民了。他与萨拉马不一样，来美后取得了化学工程学位，现供职于某信号公司。警方认为他的专业知识已经足以制造一枚炸弹了。他和萨拉马关系极佳，两人认识已有一年，且共同拥有一个帐号。在萨拉马租车后，他也开着一辆红色的汽车与其同行。
3月10日，联邦调查局直奔阿亚德的寓所，从被窝中请出了阿亚德，并对他的寓所进行了搜查，结果在他的个人电脑里发现了一封信，信中他对第一次行动表示不满，并准备再次行动，炸毁世界贸易中心大楼。他在信中说：“很不幸，这次我们的计算不精确，不过我们可以保证，下一次行动将非常精确。除非我们的行动成功，否则世界贸易中心将始终是我们在美国的目标。”信未还附有“解放军第五连”的签名。
联邦调查局将此信与《纽约时报》接到的信件相比，发现两者有相似之处，再对《纽约时报》那封信的信封和信纸进行化验检查，结果发现，这封信就是阿亚德所写。
真凶终于露面了！
联邦调查局还发现，阿亚德和萨拉马制造炸弹需要的钱，都是由一个外国组织资助的，几个月来，至少有8000美元从欧洲汇到阿亚德和萨拉马的帐户里，使用这笔经费的，除了萨拉马和阿亚德外，还有4个人，结果就引出了穆罕默德·阿布哈里马。
与萨拉马和阿亚德等人相比，阿布哈里马的记录可是不太好。在纽约他以开出租汽车为生，闯红灯对他来说是家常便饭，在记程器上做手脚也是常有的事。为此，他的驾驶执照被没收过十多次。
他丝毫不隐瞒自己极端的宗教热情，并积极投入了当地穆斯林组织为“兄弟的阿富汗穆斯林”进行的募捐活动，并亲自到巴基斯坦与阿富汗交界处的一个军事基地接受军事训练，成绩绝对优秀。
在那里他结识了拉赫曼教长，教长的两个儿子也在那里受训。后来，他还跑到阿富汗去，与阿富汗的伊斯兰同胞一起从事反苏斗争。他的一位同事至今记得阿布哈里马“是一个优秀的指挥员，曾在阿富汗各地打过仗”。
回到纽约后，阿布哈里马经常身穿旧军装，脚登军靴，四处耀武扬威。不久，他又成了拉赫曼的私人保镖兼司机。
因此，联邦调查局一发现阿布哈里马与爆炸案有牵连，立即就认定，阿布哈里马可能就是那个在幕后出谋划策的人。
爆炸案发生后的3月6日，他携妻将子回埃及探亲，而后又到麦回朝圣。但是，这一点难不了联邦调查局。求助信立即发到埃及，请求埃及警方协助，逮捕这个重大嫌疑犯。由于阿布哈里马本来就是一个令埃及警方头疼的人物，因此，埃及警方倾力合作。
3月24日，埃及警方在阿布哈里马的老家将其拿获，然后交由联邦调查局特工人员带回美国审讯。
阿布哈里马外强中干，色厉内在。警方没有费很大的劲，就让他张开了嘴。
他交代说，还是在阿富汗参加圣成的时候，他和他的一些同党就酝酿了这么一个惊天动地的计划。这个计划得到了参加圣战的阿拉伯退伍军人的赞同，事先也征求了泽西市的拉赫曼教长的意见。
当时约定，从事爆炸活动的人可得到“伊斯兰团体”的资助。这个组织以真主的名义从伊朗商人。流亡欧洲的反政府人士那里募捐，也可以从支持伊斯兰复兴事业的沙特阿拉伯和埃及的穆斯林兄弟会那里得到援助。
审讯表明，来自国外的伊斯兰复兴势力策划了这次爆炸。联邦调查局认为，起码还有两个人应该列入侦查范围，一名是27岁的比莱·阿凯西，他怂恿和支持爆炸；另一名是兰吉·优素福，有人看到过他与萨拉马一起出现在仓库里，而且阿亚德的身边有一张他的信用卡。但这两人被拘捕后，只有阿凯西承认与爆炸有关，优素福拒不认罪。
现在，除了那位伊斯兰教长拉赫曼以外，所有与爆炸案有关的人物均已亮相，并落入法网。
接下来就是对凶犯进行审判。
为了筹划这次审判，美国司法部花了一个月的时间，从5000名应征者中组织起12名陪审员。
根据美国的司法制度，陪审员负责给罪犯量刑，而法官必须根据陪审员的意见判决，因此，陪审员的意见至关重要。但是，陪审员未必就是学富五车的法学博士，他可能对法律一无所知，这就是美国法律的奇特之处。
司法部当然不愿意让罪犯逍遥法外，但也不愿意让人指责美国司法审判有这样那样的歧视。因此，选择陪审人员，可着实费了一番周折。最后的结果是，陪审团由12人组成，8名男子，4名女子，这样，不会有性别歧视之嫌。这12名陪审员中白人和有色人种各占一半。这样，又可以有效地避开种族歧视的嫌疑。
为了保证主控官和陪审员的人身安全，警方这次采取了特别严密的保护措施。从9月起，两名主控官就和他们的家人一起移居到一处秘密地点，据说有人对他们进行了威胁。负责审理此案的曼哈顿地区法院制定了严密的安全保卫措施；法院内有双层的金属测仪和x光仪器设备外，外有层层警卫；12名陪审员和6名候补陪审员都隐去了姓名，仅以号码识别。审判
10月4日，法庭开庭审理世界贸易中心爆炸案。
助理联邦检察官季尔莫·柴尔德斯进行了冗长的发言。
他说，世界贸易中心爆炸案是发生在美国本上的最具影响力的一起恐怖主义事件，危及了数万人的生命安全，因为当时有数以万计的人在大楼里从事日常活动。
他向法庭出示了一系列证据，指控4个人与本案有关，他们是：
阿布哈里马，他与制造炸弹直接有关；
阿凯西，他持假护照进入美国，携带了制造炸弹的手册、笔记本和录音带；
萨拉马，他租用仓库、汽车，储存制造炸弹的化学品，并运送炸弹；
阿亚德，他策划了爆炸阴谋。
1994年2月23日，临近世界贸易中心爆炸一周年，美国司法机构正式对4名嫌疑犯进行指控。
起诉书称他们的行动是“非法的、蓄意的，是明知故犯的，是有犯罪意图的”。
3月4日，陪审团裁定，萨拉马等4人策划、实施爆炸罪名成立。